Возбудителя хламидиоза кошек, Chlamydophila felis (ранее Chlamydia psittaci) обнаруживают у инфицированных кошек не только в конъюнктиве и выделениях из глаз, но также в мазках из верхних дыхательных путей, прямой кишки, биоптатов слизистой оболочки желудка и влагалищной слизи. Это свидетельствует о том, что инфекция не ограничивается одной только конъюнктивой, но сопровождается бактериемией (распространением возбудителя по крови) и носит генерализованный, а не местный характер.
При отсутствии лечения симптомы болезни исчезают в течение вариабельного периода времени (от 3 недель до трех месяцев). Однако, переболевшие кошки продолжают выделять со слезами и при чихании, с фекалиями и выделениями из половых органов возбудителя во внешнюю среду еще довольно долго (по меньшей мере, на протяжении 8 месяцев).
После антибиотикотерапии, если она проводилась эффективными препаратами и по принятой схеме, возбудитель погибает. Как следствие, выздоровевшие животные не представляют опасности для других кошек. Тем не менее, необходимо провести бактериологическое исследование, чтобы окончательно в этом убедиться: если лечение привело к освобождению организма животного от возбудителя, то кошка перестает быть опасной для своих сородичей.